Вот же ж фигня: стоит оставить свежеустановленный Windows Server 2003 хотя бы на пару часов в общедоступной сети или интернет, машинка гарантированно заражается вирусом удаленно. Соответственно, трюк заключается в том, что бы успеть накатить апдейты до того, как машинку заразят.
Update: как оказалось, достаточно просто подключить голому серверу сеть, заражение происходит практически мгновенно. Симптом: перестают открываться сайты Microsoft. Один из вариантов решения: сразу после установки не подключать сеть и через ISO образ передать антивирус, ну и установить его.